O princípio da separação dos poderes é fundamento estrutural do Estado Democrático de Direito brasileiro, estabelecendo a divisão das funções estatais entre órgãos independentes e harmônicos. O artigo 2º da Constituição Federal dispõe que são Poderes da União, independentes e harmônicos entre si, o Legislativo, o Executivo e o Judiciário.
A separação de poderes brasileira adota o sistema de freios e contrapesos (checks and balances), em que cada Poder exerce funções típicas e atípicas, fiscalizando e limitando os demais. O Legislativo julga autoridades (função atípica jurisdicional) e administra (função atípica executiva). O Executivo legisla por medidas provisórias (função atípica legislativa). O Judiciário administra sua estrutura.
O princípio constitui cláusula pétrea (art. 60, §4º, III), não podendo ser abolido por emenda constitucional. A independência impede a subordinação de um Poder a outro, enquanto a harmonia exige cooperação e respeito mútuo. Violações à separação de poderes podem ser controladas pelo Judiciário, inclusive pelo STF em controle de constitucionalidade.