A Separação dos Poderes é princípio fundamental da organização do Estado brasileiro, previsto no artigo 2º da Constituição Federal: 'São Poderes da União, independentes e harmônicos entre si, o Legislativo, o Executivo e o Judiciário'. Constitui cláusula pétrea (art. 60, §4º, III), insuscetível de abolição por emenda.
A concepção moderna supera a divisão estanque proposta por Montesquieu, adotando um sistema de freios e contrapesos (checks and balances) em que cada Poder exerce funções típicas e atípicas. O Legislativo legisla e fiscaliza (típicas), mas também administra (atípica) e julga (impeachment). O Executivo administra (típica), mas legisla (medidas provisórias) e exerce função quase-judicial (processos administrativos).
A independência entre os Poderes impede a subordinação hierárquica e protege a autonomia funcional de cada um. A harmonia exige cooperação e respeito mútuo, dentro dos limites constitucionais. O Judiciário atua como árbitro dos conflitos entre Poderes, exercendo a jurisdição constitucional.